DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72331 CCCC1C(OC)CCC2OC(C3C(c4cccc(F)c4)CCN3C(C)c3cccc(F)c3)NC21 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72332 COC1(O)C(C)C(CCO)C2OC(C)C(O)C2C1C1C(=O)CCCCC1O TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72333 CC1=NCCN2C3=CC(CC(C)(C)C)CC4=C3C(=NC12)CS4 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72334 CC1C2OCC2C2C(=O)N3C4C5=C(C=CCC5)CC4CC3C2(O)OC1(C)C(C)(O)CO TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72335 C=C1CCCC(O)C2(CCCC2CC2CCC3C(=O)OC=C4COCCC(CC43)C2O)C(C)C1OC1CCC(=O)O1 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72336 CCC1NC(C2C=CCC=C2)=C(O)C=C(O)C1=O TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72337 CC1=CCN2C(=C3C=CC=CC3N3CCCCCC23)O1 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72338 CC1=CCC=C(NC2=NC(=O)N=C3NC(=O)C(O)C=C32)N1C TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72339 CCN(C)C(=O)c1ccc(=O)n(C2C=CCC=C2)n1 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72340 O=C1N=C2Cc3ncnc4c3C2N2c3c(cccc3OC4)NC(=O)C12 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72341 CCCC(CCCCCC(C)CC)CC(C)C TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72342 CCC1N=c2cccnc2=NC1(c1ccccc1)c1cnccn1 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72343 CC(C)C1=NCC2=C(C1)C(C1=CCC(O)=CC1)OC2C TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72344 CC12CCC1=CCC(C1C=CC(=O)C=C1C(=O)O)CC2 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72345 CCC1(C)C(O)C(C2OC(C(C)O)CCC(C(=O)O)C3CCCC32)CC2CCCC21 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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