Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72391	CC12CC(CC(=O)NO)C(C(=S)N1)C(O)C(O)(O)C(O)C2	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72392	CC(O)C(O)CC(CO)C(=O)C1C(C)C2OC(C(=O)O)(C1O)C(O)C2C(C)(O)O	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72393	NC(=O)C1=C(CCNCCC(O)(O)C23CCOCC2N(C(=O)C(=O)CF)C2CCNC23)CCC1	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72394	[O]S1([O])CNC2=CC(=O)C3=C(C2)[C@]2(O)[C@@H]4C3NC(F)(F)[C@H]4CC(=C3C=CCC=C3)[C@H]2NC(=O)c2cc(F)cc(c2)N1	TargetDiff	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72395	CCOC1CCN(C)CCN(C)CC2=NC(=CCN2)n2c3nc(c4cc(Cl)ccc4c4c-3c2CNC=N4)C1	TargetDiff	6HK4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72396	CC1=CC2C(=NC1C)CNCC1C=CC3=C=CCC/C=C\C(O)C(O)CC2N(C3)C1	TargetDiff	6HK4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72397	CC1C(C2C(=O)NC(=O)C2C2=CC3C(=CC2)NC(=O)C3CC2C=NCC=N2)CC(=O)N2C3=C(CCCC12)C(O)CC3	TargetDiff	6HK4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72398	O=C1NC2OC=CC3CC2N1/C1=N/CC2C(C=CCN2Cc2cc3ccn2)CN2C1CCCCC2N1CCCC1	TargetDiff	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72399	CC1NC(=N)CC1CCC1C=C(O)CCC1	TargetDiff	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72400	CCCC1CCC(C(O)C(O)C2(O)CCC3OC(=O)CC32)CC2C1=CN=C1C=CC(CCC(=O)O)CC2C1	TargetDiff	6HK4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72401	Cc1nccc(C2CC3=C4C(C=C(C(C)CO)CCC42)NC3=N)c1C	TargetDiff	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72402	CC1CCC(=O)C(C)NC2CC(O)C3=C(O2)C(C=CC3)OC2=NC(O)(O)CC2(O)C1	TargetDiff	6HK4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72403	CC(C(=O)O)N(CCO)C(CCOC1C=C2C(N)CCC/C=C\NC2C=N1)C(=O)O	TargetDiff	6HK4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72404	CC[C@H](O)C1C(OC)=N[C@@H](C)N2C(=O)[C@@H](C)/C(C(O)C=CCO[C@@H]3C=CC=CC3)=C\C=N/[C@H]12	TargetDiff	5OTR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72405	Cc1c(N(F)F)ccc2c1OC1C=CC=CC1CO2	TargetDiff	5OTR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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