Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72376	C=C1C(=O)CC(=C(O)[C@H]2C=NC3=NC(=N)NC3=C2)C1=O	TargetDiff	5MNN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72377	N=C1CNC2=C3Cc4ncccc4CC3=CCC2=CN1	TargetDiff	5MNN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72378	N=NC(CN)C1C=CC=CC=C1	TargetDiff	5MNN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72379	C1=NNN=CC1.Cc1cc2c(cn1)C13CCC(CCNNC(=N)CO)C(=O)N1Nc1cccc-2c13	TargetDiff	5MNN	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
72380	N=CC(NN)c1ccccc1N	TargetDiff	5MNN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72381	N=C(NN)Nc1cccc(Nc2cccc(C(=O)O)c2)c1	TargetDiff	5MNN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72382	C1COCCO1.ON=C[C@@H]1N[C@H]2C1=CCC1=C2/C=C\CNCN1	TargetDiff	5MNN	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
72383	CCCO.CN(C)C(=O)CC1OC2=C(O1)C1=Cc3cc(C(N)=O)ccc3C=CC1C2	TargetDiff	5MNN	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72384	CC(=O)C1OC(C(C)C(=O)O)C(=O)OC1(CO)C(=O)O.NC1=CCC(C(O)NS(O)(O)O)=CC1	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72385	O=C(O)C1NC2(OC(C(F)(F)F)C(C(O)(O)F)C2O)c2ccc(O)cc21	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
72386	CC(O)C(O)C(O)CCCCC1(C(C)F)C(C(=O)O)=CCC(O)C1O	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
72387	CC(=O)CC(=O)C1CC=NC2OCCC(C(=O)OC[P](=O)OC(=O)O)OC21	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72388	C=C(O)C1C2C3(O)CCC2(CC(C(=O)O)C3)C(O)CC1(C)O	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72389	C=C(C)CC(C(=O)CCC(C)=O)C1CC(=C)C(C)CC1F	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
72390	O=C(CCCO)OC(O)C(O)CC(O)C(=O)O	TargetDiff	5C3P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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