DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72361 O=C(c1nnc2c(n1)C(c1ccccc1)C=CN2)C1CCNN1 TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72362 Nc1cccnc1 TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72363 CC(=O)c1cccc(O)c1N TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72364 CC1CC2CNC(CF)C2CCC1=O TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72365 O=C(O)Nc1cccc(O)c1O TargetDiff 4UYF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72366 CC(=O)O[C@@H]1CC=C2Cc3c(ccc(O)c3O)[C@@H]2C1=C(O)CC(C)C TargetDiff 6UDV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72367 CC1CN(C(C)C(F)F)C(=O)/N=C2/C=CCC(=C2)COC1OC(F)(F)C(F)F.CC1NC(=O)C2CC(F)C(C(F)NF)=C2CCO1 TargetDiff 6UDV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72368 O=C1CCCC(CC2CCCC3CCC(O)CCC32)C1C1=NC=CCC2CCCC12 TargetDiff 6UDV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72369 C/C1=C/C=C(CO)\C(C(=O)NC2C=C(Cl)C=CC2C2C(O)CC2C(=O)O)=C/C(Cl)C1O TargetDiff 6UDV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72370 CN(C=CCCl)CCN=C1C=CC=CC1 TargetDiff 6UDV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72371 N=c1cc2c(ccn1)OC1C=CC3=NC4=C(C=CCC=C4)CC3C3=CC(Cl)=CC2C31 TargetDiff 6UDV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72372 O=C(O)C(F)c1c(NC(c2ccc(O)cc2)C2C=CCC=C2)ccc2ccccc12 TargetDiff 6UDV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72373 O=C1C=CC(C2CN3C4=C(CCC4)C(=O)NC3(O)C2CC2C=CCC=C2)C=C1 TargetDiff 6UDV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72374 CC1CC(C(C2=C3NC4=CC=CCC=C4N3C=CC2)C(C)C(=O)O)NN1 TargetDiff 6UDV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72375 N=C(N)c1ccccc1 TargetDiff 5MNN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

72361 to 72375 of 73725 items. Total 4915 pages.