DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73591 C=C1OCC(O)=C2CCCC3C(=C=C(O)C2C1F)CC(C(O)C(=O)O)C1CC(C(=O)O)OC(=O)C31 TargetDiff 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73592 CC1CC2Oc3ccc(OC(S)CC[PH](=O)O)c(C(O)C(O)CO)c3NCOC2=C(O)C(O)=C1C=O TargetDiff 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73593 O=C(O)NCC(C(O)C(=O)OO)C(O)C(O)N1CNC2CNC3=NCNC321 TargetDiff 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73594 CCCN(c1ccccc1)C1CC(CCCc2ccccc2)CC1C(=O)C1CC2CC(CN)CC2=C1O TargetDiff 5EXM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73595 CC(C(O)C1CC2C3=C(C=CN21)C(=N)N=N3)C(C)N(C)C(=O)c1ccc(O)cc1 TargetDiff 5EXM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73596 CC(O)C(O)C1CCCC(CNC(=O)C(CO)Nc2cc(O)c(O)cc2O)C1 TargetDiff 5EXM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73597 COc1cc(C)c(NCSC(=O)N=NC2=CC(N)C=CC2)cc1O TargetDiff 5EXM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73598 CCC(=O)NC(=O)C(CC)C1Oc2ccccc2C(C(=O)NC2=C(C)C=NC(=N)C2)CC1O TargetDiff 5EXM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73599 CC(=O)O.CC(=O)[C@@H](CC(=O)N(C[C@H](C)O)C(=O)NC(=O)CN)N=C1C=C[C@@H](C[C@H](C)O)SC2=C1C(O)=C1C=CC(=N)N=C12 TargetDiff 5EXM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
73600 CCC(C)C1CC=CC(C(C)=O)C(N2C/C=C/C(Nc3cccc(C(=N)N)c3)=N/CC3=C(CCCC2=O)CCC3)C1 TargetDiff 5EXM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73601 CC1=CC(C(=O)N(C2=NC3=CC=C(CN)CC3C3CC=CCC3C2)C2CCC2C)CC2=C1CCC(C)C2 TargetDiff 5EXM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73602 CC(=CN[C@@H](CC1=CCC=CC=C1)C(=O)C1NCC2=C1CC[C@@H]2CC(=N)N)[C@@H](C=CC(=O)NCCCC[C@@H](C)O)NC(=O)O TargetDiff 5EXM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73603 CC1NC(=CC(=O)N[C@H](CO)C(=O)[C@@H]2C[C@@H]3C=CCC(Cl)=CC3=C2O)CS1 TargetDiff 5EXM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73604 CCCC1CCc2nccnc2C(C(=O)OC(=O)CO)C1O TargetDiff 4RWW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73605 CC(CC(=O)NCO)C(CO)C(O)CNCc1ccccc1.NC(=O)c1ccccc1 TargetDiff 4RWW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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