DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73621 CC(=O)CCCCC1=C2C3=C(C1)C(C1=CC=C4C=C5C=CC=C(F)C5COC4C1O)C=CC=C3NN2C TargetDiff 6EZQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73622 O=C(O)Nc1cc(Oc2cc(O)ccc2F)ccc1-c1cccc(CO)c1 TargetDiff 6EZQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73623 NC1C(O)C(O)=C2C3=C(CCCCC3)CC21 TargetDiff 5T8P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73624 CC1=CCC=C2N=C3C4C(=C(C(=O)O)C(=O)N3O)OCN4C12 TargetDiff 5T8P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73625 NCc1ccc2c3c1CC1CNC(=C31)CC2 TargetDiff 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73626 N=C(N)[C@H](O)C(=CC1C=CCC=N1)c1cccnc1 TargetDiff 5T8P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73627 C1=CC2C(=NCc3ncccc32)N=C1 TargetDiff 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73628 N=C1N=CC=C2C(O[C@H]3CCNC3=NO)=c3ccncc3=CC12 TargetDiff 5T8P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73629 NCC1=C=CCCCC2=C1C=NCC2 TargetDiff 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73630 OCCc1ccc(O)c(O)c1 TargetDiff 5T8P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73631 Cc1cccc2c1NCC2 TargetDiff 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73632 CC=C1CN(N)C2=C1CCC2 TargetDiff 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73633 OC1C(CCCC(O)C(O)(O)CCCN2CC=Cc3ccccc32)NC2C1C1CCC2N2CCC12 TargetDiff 5LOM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73634 CC12CCC3CC1CCC(CNCC1(C(=O)O)OC4C5=CC(O)C(O)=CC5OCCN4O1)C2C3 TargetDiff 5LOM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73635 C=C1CC(F)(F)C(F)(C(F)(F)F)CC1(S)CCNCC(C(=O)O)C1CC2C3CCCC(C(C)F)(C3)C2C1 TargetDiff 5LOM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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