Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73651	C[C@@H]1CNC[C@H]2[C@H]3[C@](O)([C@@H](O)[C@H](O)C(=CC(=O)O)[C@@]3(O)C[C@@H]1F)[C@@H](O)[C@@]2(O)F	TargetDiff	4XMR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
73652	CCC(=O)N=C1C=N[C@H]2C(=N1)C=N[C@H]1c3ccccc3[C@@H](c3ccnnc3)[C@H]21	TargetDiff	5T8O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73653	O=C(O)[C@@H](Oc1ccc(F)cc1)[C@H]1CCCCC(=C2N=C(c3cccc(F)c3)N2)N1	TargetDiff	5T8O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73654	CC1C(=N)N=CC2=C1C1=C[C@H](C[C@H](CN=NNC3CC(C(N)=O)OO3)OO)C=NC1=NC2=N	TargetDiff	5T8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73655	CC1(O)COC(CC(=O)C2CC3CCC4C=CC(C(N)=O)=CC4=C32)C1F	TargetDiff	5T8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73656	CC(C(=O)O)C1CC2C(=NC3=C4C5=C(NCC5=CC3O)N3C=CCC=C3C42)N1	TargetDiff	5T8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73657	C1=CC2=C3C=CC(CC4NCCO4)C=C3c3nccnc3C2C=C1	TargetDiff	5T8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73658	N=C1C(=O)N=CC(C2C=CCC=C2OC2C=CC(O)C(O)C=C2)=C1F	TargetDiff	5T8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73659	CCN1C(=NC2=NC(=N)N=CC2)C2C[C@H](C[C@@H](O)CN(C)C)OC2=C1CO	TargetDiff	5T8O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73660	C[C@@H](C1=NC[C@@]2(CC3=C(N2)[C@H](C)C=CC3=C2C=CNC=C2)N1)C(O)(O)F	TargetDiff	5T8O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73661	O=C1OC(CC(O)COP(=O)(O)O)OC(C(O)CO)C1Nc1cccnn1	TargetDiff	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73662	CCCCC(O)(O)C(C(=O)O)C(OOC1CC(=O)N=C(CC(O)C(O)CO)N1)N1C(=O)C(O)C(O)CC1CNC(C)C(=O)O	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73663	CC1=CC(C2(C(=O)NS(O)(O)c3cccc(C(N)(O)O)c3)C=CCC=N2)CC=C1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73664	CCOC(=O)C1CC(F)(F)C=C2C(c3ccc(O)c(C)c3)=NC3=C(F)C=C(NCC(C)O)C(O)C3C21	TargetDiff	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73665	CC(O)C(=O)N(C1=NC2=CN=CN(C(=O)C(CCCO)COP(=O)(O)O)N2C1)C(C)CO	TargetDiff	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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