Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73681	O=C(O)C1=CCC=CC1C(O)(CC1=CNCCC1)CC1OC(=O)C2CC(CC3=CC=CCC=C3)NC12	TargetDiff	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73682	CC(CO)NC(CCC1CCCC1)C1(O)CC(=O)OC(C2(O)CC(O)(C(O)CO)C2O)N1c1ccccc1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73683	O=C1COCC2=NCCCCN2C(C(F)F)OCC(CC2CCCC2)CC(OP(=O)(O)O)O1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73684	CC1=C(N(C)C)NCC1CC(C(=O)O)C1=NC(=O)N(CCC(=O)O)C2=CCC=CC2=N1	TargetDiff	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73685	CCC(C)CC(NC(CCNC(=O)C(C)C(=N)NC)CC1CCOC(C)C1)c1cccnc1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73686	CCc1c(C(C)C(CC)CC(C)O)cc(Cl)nc1C(=O)CNC(CO)C(=O)O	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73687	CC(=O)C(C)C1OCC(C(C)C)CNC2CC(CC(C)O)CC(O)C(O2)C(CO)OC1COCC1NC(=O)CC=CO1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73688	CC1C(O)C(CCO)C2C(O)CC(O)CC(CC(=O)CC(=O)O)OC(=O)C3=CCC=C(C3)C12	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73689	CCC(CO)C1=COC(C)C(CC(=O)OC(CO)CC(O)(CO)C2CCOC(O)(O)C2)C(=O)N1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73690	CCNC1=CCC(NC(CC)OC(C(=O)NC(=O)CCO)C(O)C2C(O)=CCC=C2CN(C)C(=O)O)=C(COCCCO)C1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73691	CC(C)c1cc2cc(c1)C(O)C(C[PH](=O)O)C1CCC(O)(CC(C)C(O)C(OC3CCC(=O)N3[PH](=O)O)C2)C1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73692	NC(=O)CCC(=O)N(CCO)CC1C(O)=CC=CC2C=CN=C3CCCC3C21	TargetDiff	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73693	CCCN(CO)C(c1ccccc1C(=O)CC1CSC(C(C)(O)CO)C1O)C(C=O)C(C)=O	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73694	CC(C)CNCC1(C2CCCC2)C(c2ccccc2)C=C(F)NC1C(O)CCNCO	TargetDiff	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73695	CC(O)C(=O)NCN1CC(C2CC(CCNC(=O)C(=O)O)c3ccccc32)CN1	TargetDiff	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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