Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7471	CC(C)N1CCN(c2ccnc(Nc3cc(-c4ccccc4)n[nH]3)n2)CC1	AlphaDrug	5G5Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7472	CC(C)N1CCN(c2ccnc(-c3ccnc(NC4CCCCC4)n3)c2)CC1	AlphaDrug	5G5Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7473	CC(C)N1CCN(c2ccnc(-c3cncc(NC(=O)c4ccc5cnccc5c4)c3)c2)CC1	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7474	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(N3CCN(C(C)C)CC3)ccn2)cc1-c1ccc2ncn(C(=O)NC3CC3)c2c1	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7475	CC(C)n1nc(-c2ccc(O)c(-c3cc(O)cc(O)c3)c2)c2c(N3CCN(CCO)CC3)ncnc21	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7476	Cc1c(C#N)n(Cc2ccccc2)c2ccc(C(O)c3ccc(C(N)=O)cc3)cc12	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7477	FC(F)(F)c1cccc(N2CCN(c3ccc(Nc4ncc5cccc(C6CCCNCC6)c5n4)cc3)CC2)c1	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7478	CN(C)CCNc1ncc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3Nc3nc(N)nc4cc(C(F)(F)F)ccc34)cc2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7479	CC1CCC(Nc2ncc(-c3cccc(F)c3)cc2C(F)(F)F)CCN1c1ccccc1	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7480	COc1ccc(-c2cc3nc(NCc4ccc(C(=O)NC5CC5)cc4)ncc3[nH]2)cc1	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7481	Cc1ccc(Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1NC(=O)c1ccc(CN(C)C)cc1	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7482	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7483	CN(C)C1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3cc(N)nc(NCc4ccc(OC(F)(F)F)cc4)n3)cc2)C1	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7484	CC(O)C(CO)Nc1cc(-c2cccc(F)c2)ncc1NC(=O)Nc1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7485	CNC(=O)CNc1ccc(/C=N/c2nc(NC3CC3)c3ncn(C)c3n2)cc1	AlphaDrug	4PCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

7471 to 7485 of 73725 items. Total 4915 pages.