DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7411 COc1ccc(-c2cc3ncsc3cc2-c2nc3c(C)c(O)ccc3c(=O)[nH]2)cc1 AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7412 COc1ccc(-c2c[nH]c3ncc(C(=O)NC(CC4CCCCC4)C(=O)O)cc23)cc1 AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7413 CC(c1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)C(=O)NC4CCCCC4)C=CCCC3)cc2)cc1)C(C)(C)C(=O)O AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7414 Cc1ccc(C(=O)N/N=C(/N)C(C)c2ccc(C)c(C)c2)cc1C AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7415 COc1ccc(-c2cc3c(Cl)c(-c4ccc5c(c4)CCC5)ccc3cn2)cc1 AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7416 CC(C)(O)c1cc(C2=CC3(CC=NCC3)CC2)c(-c2ccccc2)cc1F AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7417 CC(C)(C)c1cc(C(C)(N)CCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc2nc(-c3ccccc3)[nH]c12 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7418 CN(C)Cc1cccc(-c2nc3cc(-c4ccccc4)cc(C(C)(C)C)c3[nH]2)c1 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7419 CC(C)(C)c1cc(C(C)(NC(=O)OC(C)(C)C2CC2)c2ccc(-c3ccccc3C(F)(F)F)cc2)cc2nc(-c3ccccc3)[nH]c12 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7420 Cc1nc(-c2ccccc2)c2n1C(c1ccc(C(C)(C)C)cc1)CC2 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7421 CC(C)(C)c1cc(C(C)(O)CCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc2nc(-c3ccccc3)[nH]c12 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7422 CC(C)(C)c1cc(C(C)(NC(=O)N2CCOCC2)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc2nc(-c3ccccc3)[nH]c12 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7423 CC(C)(Cc1ccccc1)OC(=O)NC(C)(C(=O)O)c1cc(C(C)(C)C)c2[nH]c(-c3ccccc3)nc2c1 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7424 CC(C)(C)c1cc(C(C)(NC(=O)c2ccc(N3CCOCC3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc2nc(-c3ccccc3)[nH]c12 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7425 CC(C)(C)c1cc(C(O)CN2Cc3ccccc3C2=O)cc2nc(-c3ccccc3)[nH]c12 AlphaDrug 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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