Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7456	COc1ccc(S(=O)(=O)N(c2ccccc2)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ncc[nH]4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7457	COc1ccc(S(=O)(=O)N(c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(N5CCCCC5=O)cc4)CC3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7458	COc1ccc(S(=O)(=O)N(c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(N5CCCCC5=O)cc4)CC3)cc2)c2cccc(NC(=O)CCCCC(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7459	COc1ccc(S(=O)(=O)N(c2ccc(-c3ccccc3)cc2NC(=O)C(C)(C)C)C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7460	COc1ccc(S(=O)(=O)N(c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(N5CCCC5=O)cc4)CC3)cc2)c2ncccn2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7461	COc1ccc(S(=O)(=O)N(c2ccc(N3CCCCC3=O)cc2)C(C)NC(=O)C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7462	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCc3sc(-c4cccc5[nH]c(=O)[nH]c45)cc3C2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7463	COc1ccc(S(=O)(=O)N(C(=O)O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4nccc5ccccc45)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7464	COc1ccc(S(=O)(=O)N(C(=O)NC(C)=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(N5CCCCC5)cc4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7465	COc1ccc(CN2CCC(C(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5TCY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7466	Cc1ccc(-c2cc(-c3c(F)cccc3F)nc(Nc3nccc(N4CCN(C(C)C)CC4)n3)n2)cc1	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7467	CN(C)c1nc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)nc(Nc2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)n1	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7468	CC(C)N1CCN(CCn2cc(-c3cc(C(=O)NO)cc(C(=O)Nc4ccc(F)cc4)c3)cn2)c2ccccc21	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7469	CC(C)c1cc(Nc2ncc(F)c(Nc3ccc(C(=O)Nc4cc(C(C)(C)C)on4)cc3)n2)nn1C	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7470	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(N3CCN(C(C)C)CC3)ccn2)cc1NC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5G5Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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