Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7426	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CCCCC3CC(=O)Nc3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7427	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4CCCCCC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7428	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OCC4CCCCCC4)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7429	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)c4ccc(-c5cccnc5)cc4)CC3=O)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7430	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4CCCNCC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7431	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(NC4CCCCCC4)nc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7432	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4CCCNCC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7433	NC(N)=NC(=O)c1ccc(N2CCN(c3ccc(-c4ccc(-c5cncnc5)cc4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7434	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(NC(=O)OCC(O)(C(F)F)C(F)(F)F)C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7435	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(=O)CO)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7436	Cn1c(C(F)(F)F)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5nnn[nH]5)cc4)sc3C(F)F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7437	Cc1nc(NCc2ncc(-c3ccccc3)cc2C(C)(C)O)cc(N2CCCC(NC(=O)c3c[nH]c4ccccc34)C2)n1	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7438	Cn1c(-c2cncc(O)c2)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5ncco5)cc4)ncc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7439	Cn1c(-c2ccccc2)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5nccnc5O)cc4)ncc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7440	Cn1c(C2CC2)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5nnn[nH]5)cc4)ccc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

7426 to 7440 of 73725 items. Total 4915 pages.