DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7381 COC(=O)Nc1cc(F)ccc1N1CCN(C2CCC(C)N(C(=O)c3ccc(F)c(NC(=O)c4ccccc4OC(F)(F)F)c3)C2)CC1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7382 CC1CCC(N2CCC(N3CCCC3)CC2)CN1C(=O)c1ccc(F)c(NC(=O)c2cccc3ccccc23)c1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7383 Cc1cc(F)ccc1N1CC(C)CCC(N2C=CN(S(=O)(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)C1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7384 CC1CCC(N(C)C(=O)C2CCC(N(C)C)CN2C(=O)OCc2ccccn2)CN1C(=O)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7385 CC1CCC(N2CCC(N3CCCC3)CC2)CN1C(=O)c1ccc(F)c(NC(=O)c2cnn[nH]2)c1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7386 CC1CCC(N2CCN(S(=O)(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)CN1C(=O)c1ccc(Cl)nc1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7387 Cc1ccc(C(=O)NC2(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1-c1cccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7388 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5ccccc5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7389 Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)n2)cc1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7390 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(Cl)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7391 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(Cn3cc(COc4ccc(Cl)cc4)c(=O)[nH]c3=O)cc2)cc1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7392 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4CCC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7393 Cc1ccc(C2(c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7394 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CC(N(c3ccc(C4CC4)cc3)C3CC3)CC2CCc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7395 Cc1ccc(C(=O)NC2CC2)cc1-c1cn(C)c(-c2ccc(OC3CC3)c(Cl)c2)n1 AlphaDrug 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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