DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7336 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(O)CN5CCCC5)c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7337 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1Nc1cc(CNC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1F AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7338 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1C(c1ccc(Cl)c(Cl)c1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1F AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7339 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1C(c1cc(N)ccc1C)c1ccc(C(F)(F)F)cc1F AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7340 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1Nc1nc2cc(F)ccc2[nH]1 AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7341 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1C(c1ccc(C2CC2)cc1F)c1cc(C(F)(F)F)cc(F)c1F AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7342 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1C(c1cccnc1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7343 COc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cc4cc(F)ccc4c(=O)[nH]3)nc(N)c2C)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7344 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1C(c1ccc(Cl)c(Cl)c1)c1cccc(F)c1F AlphaDrug 6CE6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7345 COC1=CC=C(c2cc3c(c(C(=O)O)cn3C)c(=O)[nH]2)CC(CN2CCc3ccccc32)C1=O AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7346 COc1ccc(CC(=O)N2CCC(O)CC2)cc1C(c1cc(F)c(Cl)c(Cl)c1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1Cl AlphaDrug 6CE6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7347 Cc1cncc(-c2cccc(N3CCN(C(=O)c4c(C)cc(C#N)cc4Cl)CC3)c2)c1 AlphaDrug 6G7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7348 Cc1cc(N2CCN(C(=O)NCc3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)cc(Cl)c1C(=O)N1CCN(c2cccc(-c3ccccc3)c2)CC1 AlphaDrug 6G7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7349 Cc1cc(N2CCCC2C(=O)Nc2cccc(Cl)c2)cc(Cl)c1C(=O)N1CCNCC1 AlphaDrug 6G7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7350 Cc1cc(C#N)cc(Cl)c1C(=O)N1CCN(c2cccc(-c3cccc4cncnc34)c2)CC1 AlphaDrug 6G7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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