DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7276 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(NS(C)(=O)=O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7277 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(CC(=O)O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7278 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc2c1OCCO2 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7279 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3c2)cc1)c1cccc(CC(=O)O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7280 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(N)=O)c4)c3c2)cc1)c1cc(F)ccc1F AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7281 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(C(N)=O)cn4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7282 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7283 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc([N+](=O)[O-])c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7284 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(C5CCC5)cn4)c3c2)cc1)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7285 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(NCC2CC2)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7286 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1c(F)cccc1Cl AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7287 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(NCCC2CC2)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7288 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(CN5CCCCC5)cc4)c3c2)cc1)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7289 Cc1cc(CC(C)c2ccc3c(c2)C(=O)NCCCO3)ccc1-c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7290 CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 1DJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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