DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7216 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)C3(NS(=O)(=O)c4ccc(C5CCC5)cc4-c4ccc(F)cc4)CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7217 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)C3(NS(=O)(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7218 COc1ccc(S(=O)(=O)NCC2(C(=O)/N=C/C3(c4ccc(C5CCN(C)CC5)cc4)CCCC3)CCCCC2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7219 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)C3(NS(=O)(=O)c4ccc(-c5cccc(F)c5)cc4)CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7220 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)C(CC2CCCN2C(=O)C2(C(=N)N)CC2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7221 Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)CN(C(=O)C2CC(c4ccc5cnccc5c4)CN2)CC3)cc1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7222 Cc1ccc(C(=O)NCc2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1NC(=O)c1ccc(F)c(F)c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7223 Cc1ccc(C(C)(C)C(=O)NCC(N)=O)cc1NC(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7224 Cc1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1NC(=O)c1ccc(F)c(C(=O)NCCCCCN)c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7225 Cc1ccc(C(=O)NCc2cccc(F)c2)cc1NC(=O)c1ccc(F)c(F)c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7226 Cc1cc(O)c(F)c(C2CC2C2=CN=C3C2=CN=C3/N=C/C2CCC(O)(c3ccc(F)cc3)C2)c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7227 Cc1ccc(-c2cccnc2)cc1NC(=O)c1ccc(F)c(-c2ccc3c(c2)CC(=O)N3)c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7228 Cc1ccc(C(=O)NCc2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2)cc1NC(=O)c1ccc(F)c(F)c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7229 Cc1ccc(-c2cccc(CO)c2NC(=O)c2ccc3ccccc3n2)cc1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7230 Cc1ccc(-c2ccnc(NC(=O)c3ccc(F)cc3)c2)cc1NC(=O)c1ccc(F)c(Cl)c1 AlphaDrug 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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