Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7156	CC1CCCCC(C(=O)Nc2ccc(-c3cc(-c4ccc(F)cc4)cc4cn[nH]c34)cc2)C1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7157	Cc1ccc(-c2cc(C(=O)c3ccc(C(N)=O)cc3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7158	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3ccc4c(-c5c(F)cccc5F)cnc-4[nH]3)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7159	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(CN4CCCC4)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7160	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7161	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc4c(C)n[nH]c34)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7162	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)c6cccc(C(F)(F)F)n6)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7163	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4cccc5ncccc45)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7164	Cc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3C)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7165	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(=N)N)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7166	Cc1ccc(C(=O)Nc2cccc(-c3cnc4[nH]c(=O)c(-c5ccc(C6CCN(CC(C)C)CC6)cc5)cn34)c2)cn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7167	CC1CCCN(C(=O)C2(NC(=O)c3cc4ccc(-c5cnnn5C)cc4s3)CCCC2)CCN1C(=O)c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7168	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc4nccnc34)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7169	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccnc(N5CCCC5)c4)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7170	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)c6ccc(F)cc6)c5F)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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