DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7126 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc4ccncc34)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7127 Cc1ccc(-c2cc(OCC(=O)O)c3ccccc3n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7128 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccc5cn[nH]c5c4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7129 Cc1nc2c(-c3cnc(N)c4cc(-c5ccc(CN6CCCCCC6C)cc5)cnc34)cccc2[nH]1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7130 Cc1ccc(-c2cc(C(N)=O)nc(N3CCCCC3)c2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7131 Cc1cc(O)cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccnc(NC(=O)c4ccc(F)cc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7132 CC1C=CC=CCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccn4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7133 CC1C=CCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccc(OCc5ccccc5)cc4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7134 Cc1cccc(-c2cc(-c3ccc(C)c(-c4cc(C5CCCCC(C)C5)ccn4)c3)nc(N)n2)n1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7135 Cc1ccc(-c2cc(N3CCCCC3)nc(C(F)(F)F)c2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7136 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc4ncccc34)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7137 CC1C=CCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc5c4nnn5C)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7138 CC1CCCCCN1CCc1ccc(-c2cn3c(-c4cccc(C(N)=O)c4)cnc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7139 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccc5c(c4)CC(=O)NC5)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7140 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)c6ccc(Cl)c(F)c6)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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