DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7081 COc1cc(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2cccnc2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7082 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7083 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cncn4C)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7084 COc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)Nc4cnc(-c5ccccc5)s4)c(C)c(C)c3c2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7085 COc1ccc(CNc2nc(-c3ccc(Cl)c(N)c3)cnc2C(N)=O)cc1OC AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7086 COc1ccc(-c2ccc(CNC(=O)c3ccc(-c4cnc(C)s4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7087 COc1ccc(-c2ccc(CN(C(=O)Nc3ccc(N4C=CN(c5ncc(C(F)(F)F)cc5F)CC4)cc3)C(F)(F)F)cn2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7088 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(CN4CCNCC4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7089 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(N5CCOCC5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7090 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(C)(C)C)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7091 Cc1ccc(-c2ccc3ccc(NC(=O)Nc4cc(S(N)(=O)=O)ccn4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7092 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(-c5cccc(N6CCOCC6)c5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7093 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7094 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3cnc(C(=O)N4CCCCC4)s3)cc2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7095 COc1ccc(-c2csc3nc(Nc4ccc(N5CCN(S(C)(=O)=O)CC5)cc4)nc(-c4ccccc4)c23)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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