DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7036 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7037 COc1ccc(-c2ccc(NC(=O)Nc3ccc(F)c(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7038 COc1ccc(-c2cc(C(C)(O)C(=O)c3ccc(N4CCOCC4)c(C(F)(F)F)c3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7039 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(N5CC(N)CO5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7040 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(N5C=COCC5)c4)cc3)ccc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7041 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)cc3[nH]c(-c4cccc(Cn5cccc5)c4)nc23)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7042 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(OC)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7043 COc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2/C=N/C(=O)c2ccncc2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7044 COc1ccc(-c2nsc(Nc3ccc(C(=O)N4CCC(N5CCCC5)CC4)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7045 COc1ccc(-c2cc(-c3cc(Cc4ccc(-c5cnc[nH]5)cc4)cc(OC)c3C)ccn2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7046 COc1cc2nc(-c3ccc(C(=O)NCC(F)(F)F)cc3)sc2cc1OCC(N)=O AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7047 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(N5CCOCC5)c4)cc3)n[nH]2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7048 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(-c5cccnc5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7049 COc1ccc(-c2sc(C(N)=O)c3nc(N4CCCCC4)[nH]c23)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7050 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(-c5cccnc5C)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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