DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7051 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7052 COc1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(C)c(N4CCOCC4)c3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7053 COc1cccc(-c2ccc(CNc3cc(C(F)(F)F)nc(N4CCN(S(C)(=O)=O)CC4)n3)c(F)c2)c1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7054 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cnn(C)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7055 COc1ccc(-c2cc(-c3cc(Cl)ccc3C)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7056 COc1ccc(-c2cc(-c3cc(C(=O)Nc4ccc(F)cc4)ccc3N)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7057 COc1cc(Nc2cc(-c3cncc(C(=O)O)c3)ccn2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7058 COc1ccc2c(=O)cc(-c3ccc(CN4CCN(S(C)(=O)=O)CC4)cc3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7059 COc1ccc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(N5CCOCC5)c4)cc3)n[nH]2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7060 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(-c5cccc(NC(=O)N6CCCC6)c5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7061 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cc(C(F)(F)F)ccn4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7062 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(=O)O)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7063 COc1cc(C(=O)NC(C)(C)C)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7064 COc1ccc(-c2noc3cc(NC(=O)NCC(F)(F)F)ccc23)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7065 COc1cc(Nc2ncc(C(=O)Nc3c(C)cccc3Cl)s2)cc(C(=O)NCC(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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