DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7111 COc1ccc(-c2ccc(CNc3cc(C(N)=O)n[nH]3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7112 COc1ccc(-c2sc(C(=O)Nc3ccc(OC)c(OC4CCCC4)c3)c3ccc(N)cc23)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7113 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(Cl)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7114 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccs4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7115 COc1ccc(-c2cc(O)c(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2OC)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7116 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(OCc4ccccc4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7117 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(F)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7118 CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NC(C)c4ccc5ccccc5c4)ccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7119 CC(C)CN1CCN(c2ccc(-c3cnn4c(-c5cccc(C(=O)O)c5)cnc4c3)cn2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7120 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(F)c3F)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7121 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(N)=O)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7122 CC1CCCCC(c2ccnc(-c3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc3Oc3cncnc3N)c2)C1 AlphaDrug 8DMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7123 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc5[nH]c(N)cc45)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7124 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccc(Cl)c(OC(F)F)c4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7125 Cc1cccc(-c2cc(-c3ccc(C)c(-c4cc(C5CCCCC(C)C5)ccn4)c3)nc(N)n2)c1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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