DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7171 CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NC(CN)C(=O)O)ccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7172 Cc1ccc(-c2cc(NC(=O)Cc3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCC=CC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7173 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc4nn(C)cc34)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7174 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc(C(N)=O)c4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7175 Cc1ccc(-c2cc(F)cc(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7176 Cc1ccc(-c2cnn(-c3ccc4ccccc4c3)c2N)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7177 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccc5ncccc5c4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7178 CC1CCCCC(c2cccn3c(-c4ccc(C(=O)NC5CCCCC5)cc4)cnc23)C1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7179 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(N4CCC(C5CC5)CC4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7180 Cc1ccc(-c2cc(NC(=O)c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7181 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc4ccccc34)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7182 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc5c(N)n[nH]c45)cnc(N)c3n2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7183 CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NC(C)C(N)=O)ccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7184 CC(C)CN1CCN(c2ccc(-c3cnn4c(-c5cccc(C(N)=O)c5)cnc4c3)cn2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7185 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)c6ccc7ccccc7c6)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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