DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7201 CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NC4CCC(O)C4)ccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7202 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc(C(N)=O)c4)cnc(N)c3n2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7203 CC1C=CCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccc4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7204 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccnc(N)c4)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7205 CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NC(C)c4cn(C)nn4)ccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7206 CC1CCCCC(c2ccnc(-c3cccn4c(-c5cccc(-c6cnnn6C)c5)cnc34)c2)C1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7207 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)c6ccc7[nH]cnc7c6)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7208 CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NC(C)C(=O)O)ccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7209 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(=O)O)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7210 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C#N)c3C)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7211 COc1ccc(C2CCN(S(=O)(=O)/C3=C/C=C(/c4ccc(F)cc4)OCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC3O)CC2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7212 COc1ccc(CC(O)CNC(=O)C(C)CCCNC(=O)C2CCCN(S(=O)(=O)c3ccc(O)cc3)C2)c(O)c1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7213 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)C3(NS(=O)(=O)c4ccc(-c5cccc(-c6ccccc6)n5)cc4)CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7214 COc1ccc(C(O)C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(CCN4CCCCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7215 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)C3(NS(=O)(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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