Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7261	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1ccccc1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7262	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(F)cc4)c3c2)cc1)c1ccc(C(N)=O)cc1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7263	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(OCC2CCCC2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7264	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7265	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(N)=O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(F)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7266	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(C(=O)O)nc4)c3c2)cc1)c1cccc2ccccc12	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7267	C#CCc1cccc(C(C)Cc2ccc(-c3ccc4[nH]nc(-c5cccc(C(=O)O)c5)c4c3)cc2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7268	Cc1cc(CC(C)c2ccc3c(c2)C(N2CCC(C)(C)C2)CCC3)ccc1-c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7269	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(N)=O)c4)c3c2)cc1)c1cccc2c1CCCO2	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7270	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7271	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(CN2CCCC2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7272	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7273	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(N)=O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7274	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc2c1OCO2	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7275	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(CCC2CCCC2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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