Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7291	Cc1cccc(C)c1C(C)Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7292	CC(Cc1c[nH]c2cc(OCc3ccc(C4CCCC4)cc3)ccc12)c1cccc(NC(=O)C2CCCC2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7293	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)c3c2)cc1)c1cccc2c1CCCO2	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7294	CC(O)c1cccc(-c2n[nH]c3ccc(-c4ccc(CC(C)c5cccc(CC(=O)O)c5)cc4)cc23)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7295	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(O)CN)c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7296	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7297	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc2c1CCO2	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7298	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc2ccccc12	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7299	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(CN2CCOCC2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7300	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7301	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(F)cc4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7302	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(C)(C)C)c4)c3c2)cc1)c1cccc(CC(=O)O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7303	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4ccc(O)cc4)c3c2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7304	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccc(CC2CCCC2)c1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7305	CC(Cc1ccc(-c2ccc3[nH]nc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3c2)cc1)c1cccnc1	AlphaDrug	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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