DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7186 CC1CCCC(CNC(=O)c2ccc(C(N)=O)cc2)c2cc(C#CCc3cnn(C(N)=O)c3)ccc21 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7187 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccnc5ncccc45)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7188 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)c6ccnc(C(F)(F)F)c6)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7189 CC1CCCCC(c2ccnc(-c3ccc(-c4ccc5ncccc5c4)cc3)c2)C1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7190 Cc1ccc(-c2cc(F)cc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7191 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)NC(C)c6ccc(F)cc6)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7192 Cc1ccc(-c2cnn3c(-c4ccccc4)cnc3c2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7193 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccnc(N5CC(N6CCN(C)C6)C5)c4)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7194 Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7195 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(F)F)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7196 CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc5ccncc45)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7197 CC1CCN(c2ccc(-c3cnn4c(-c5cccc(NC(=O)NO)c5)cnc4c3)cn2)CCN1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7198 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(F)c3C)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7199 CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccc(F)cc4)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7200 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3OCC(=O)O)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1 AlphaDrug 8DMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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