Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7141	CC(C)CN1C=CC(c2ccc(-c3ccc4c(-c5ccccc5)cnc(N)c4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7142	CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc5[nH]ccc45)cnc(N)c3c2)cc1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7143	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccnc(N5CCNCC5)c4)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7144	Cc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)nn2-c2ccc(F)cc2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7145	CC1CCCCCN1Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4cccc5cn[nH]c45)cnc(N)c3c2)cc1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7146	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccc(Cc5ccc(C(=O)O)cc5)cc4)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7147	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)c6ccc7c(c6)CCCC7)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7148	CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NC4CCC(Oc5cccc6cccnc56)C4)ccc3[nH]2)cc1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7149	CC(C)CCc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)NCC(O)c4cn(C)c5ccccc45)ccc3[nH]2)cc1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7150	Cc1cc(-c2ccc3c(c2)CC(=O)N(CC(C)C)C3)cc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1C	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7151	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cn4c(-c5cccc(NC(=O)Cc6cccnc6)c5)cnc4[nH]c3=O)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7152	CC(C)CN1CCC(c2ccc(-c3cc(-c4ccnc(N5CCN(C(N)=O)CC5)c4)cc4cn[nH]c34)cc2)CC1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7153	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc4c(NC(=O)C5CC5)cccc34)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7154	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(Cl)c3)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7155	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C)c3C)nc(N)n2)cc1-c1cc(C2CCCCC(C)C2)ccn1	AlphaDrug	8DMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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