DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7021 COc1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2cccc(NC(=O)C3CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7022 COc1ccc(-c2ccc(NC(=O)Nc3ccc(F)c(-c4ccc(C)c(F)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7023 COc1ccc(Nc2ncc(C(=O)Nc3c(C)cccc3Cl)s2)cc1O AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7024 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(N5CCN(CC(=O)O)CC5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7025 CC(=O)Nc1ccc(-c2ccc3cc(NC(=O)NC(C)(C)C)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7026 COc1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(CN4CCN(S(C)(=O)=O)CC4)c(F)c3)ccn2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7027 COc1ccc2[nH]cc(C(=O)Nc3ccc(CN4CCC(C)(C)C4)cc3)c2c1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7028 COc1ccc(-c2cc(-c3csc(C(=O)Nc4ccc(C)c(N5CCOCC5)c4)n3)ccn2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7029 COc1cc(Nc2cc(-c3ccc(F)c(OC4CCCC4)c3)n[nH]2)cc(C(=O)NCC(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7030 COc1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(N4CCOCC4)c(C(F)(F)F)c3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7031 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(-c5cnc[nH]5)c4)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7032 COc1cc(C(=O)Nc2ccc(NC(=O)Nc3cccc(C(C)(C)C)c3)cc2)cc(C(C)(C)C)c1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7033 COc1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(C)c(Oc4ccc(NC(=O)NCCCc5ccccc5)cc4)c3C)no2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7034 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc(CN4CCN(S(C)(=O)=O)CC4)c(C)c3)s2)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7035 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(F)cc3)ccc2C(N)=O)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

7021 to 7035 of 73725 items. Total 4915 pages.