DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7006 Cc1ccc(-c2cc(C)cc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3C)c2)cc1 AlphaDrug 4UA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7007 Cc1cccc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(N)c3)cc2NC(=O)NCC(C)(C)C)c1 AlphaDrug 4UA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7008 COc1ccc(C(Nc2ccc(C)c(C)c2)C(=O)Nc2cc(C)ccc2C)cc1 AlphaDrug 4UA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7009 CC(Nc1nc(-c2ccc(CCNC3CC3)cc2)nc2ccccc12)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4UA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7010 NC(=O)C1CN(c2ccc(-c3ccccc3)cc2C(=O)NC2CCN(c3ccccc3Cl)CC2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7011 CN(C)C(=O)CN1CCCN(c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2C(N)=O)CC1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7012 NC(=O)C1CC(=O)NCC(Nc2cc(-c3ccccc3)ccc2C(F)(F)F)C1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7013 NC(=O)C1CN(c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2Cc2ccc(F)cc2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7014 NC(=O)C1CN(c2ccc(-c3cnc(Cc4ccc(C(F)(F)F)cc4)nc3)cc2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7015 NC(=O)C1CN(c2ccc(-c3c[nH]c4ccc(N5CCCC5)cc34)cc2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7016 NC(=O)C1CN(c2ccc(-c3ccccc3)cc2C(=O)NC2CCN(C(=O)c3cc(Cl)cc(Cl)c3)CC2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7017 NC(=O)C1CN(c2ccc(C(=O)O)cc2C(=O)NC2CCN(C(=O)c3cc(N4CCOCC4)ncc3Cl)CC2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7018 NC(=O)C1CN(c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2Cc2nnc[nH]2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7019 NC(=O)C1CN(c2ccc(-c3ccccc3)cc2Cc2nc(-c3ccccc3)cs2)CCO1 AlphaDrug 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7020 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCCC(N)CN3CCOCC3)cc3[nH]c(=O)[nH]c23)cc1 AlphaDrug 4JTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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