DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6946 CC(C(=O)N1CCN(C)CC1)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6947 CC(C(=O)NC1CCN(C)CC1)c1ccc(OC(C)(C)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6948 CC(C(=O)NC1CCCCC(c2nc(-c3ccccc3F)no2)C1)c1ccccc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6949 CC(C(=O)NC1CCN(C)CC1)c1ccc(NC(=O)Nc2nc(-c3cccc(F)c3)co2)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6950 Cc1cc(C(=O)NCCCCCC(=O)NC(=O)N(C)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6951 Cc1cc(C(=O)NCCCCCCC(=O)NC(=O)NC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6952 Cc1cc(C(=O)NCCCCC(=O)NC(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6953 Cc1cc(C(=O)Nc2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)sc2N)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6954 Cc1cc(C(=O)NCCCCCC(O)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6955 Cc1cc(S(=O)(=O)NC(=O)C(C)(C)c2ccc(Cl)cc2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6956 Cc1cc(C(=O)NCCCCCCC(=O)NS(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6957 Cc1cc(C(=O)NCCCCCCC(=O)NC(=O)NCc2ccc(C(C)(C)C)cc2)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6958 Cc1cc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc2O)cc(C)c1O AlphaDrug 4OCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6959 Cc1ccc(Cl)c(S(=O)(=O)NC(=O)NC(=O)CN(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)c2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 4OCQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6960 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NCC[NH+](C(=O)O)C(=O)NCCCN1CCCCCCC1 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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