DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6901 Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(c2ccc(F)cc2)C1(F)F AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6902 Nc1nc(C2CCNCC2)nc2ccccc12 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6903 Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(S(N)(=O)=O)CC1 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6904 N#Cc1ccc(C(=O)NC2CCC(n3nc(-c4ccc(Oc5ccccc5)cc4)c4c(N)ncnc43)C2)cc1 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6905 Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(NC(=O)C(O)CNC2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6906 Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6907 Nc1nc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6908 Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(NC(=O)C2CC2)CC1 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6909 Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(c2cccc(NCCO)c2)C(F)(F)C1 AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6910 CC(C)Oc1ccc(-n2cccn2)cc1C(=O)Nc1cc(-c2ccccc2)nn1-c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6911 CC(C)Oc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2nc(-c3cc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)ccc3O)[nH]c2c1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6912 CC(C)Oc1cc(-c2cnccn2)cc2ccccc12 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6913 CC(C)Oc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2nc(-c3cccc(OCCCN4CCCCC4)c3)[nH]c2c1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6914 CC(C)Oc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2nc(-c3cc(-c4ccccc4CCC(=O)O)ccc3O)[nH]c2c1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6915 Cc1cncc(-c2cccc(-c3ccc(O)c(-c4nc5c(-c6ccc(C(=O)O)cc6)cc(OC(C)C)cc5[nH]4)c3)c2)n1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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