DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6886 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1NC(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5DEY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6887 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)Nc3ccc(C)cc3-c3ncnc(N)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 5DEY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6888 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)Nc3ccc(Nc4nccc(-c5cccc(C)c5)n4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5DEY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6889 Cc1ccc(N2C=CN(C(=O)Nc3cn[nH]n3)CC2)cc1 AlphaDrug 5DEY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6890 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NCC(C)(C)C(N)=O)cc1O AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6891 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6892 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cc(-c3ccccc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6893 CC(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC3CCCCCC3)cc2)cn1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6894 CC(C)c1ccc(-n2c(SCCO)nc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6895 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC2Cc2cccc(C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6896 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6897 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6898 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(OCC(=O)N3CCC4C=CC(C)(CC3)C(=O)N4)CC2)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6899 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C4CCC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6900 Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(c2cccc(Cl)c2)C1(F)F AlphaDrug 5NAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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