DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6931 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2O)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cc2ccccc2cc1Cl AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6932 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2Cl)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)CCC1CCCCC1 AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6933 CC(C)(C)NC(=O)OCC(C)(C)c1cn(-c2ccc(OCC(=O)O)cc2)c2ccccc12 AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6934 CC(=O)N1CCC(NCc2ccc(C(C)(C)c3cc(Cl)n(-c4ccccc4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6935 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2O)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)C(F)(F)F AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6936 CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2cccc(O)c2c1 AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6937 Cn1cc(C(C)(C)CNC(=O)c2cc(Cl)cc(Cl)c2)nnc1=O AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6938 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2O)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)CCCC(F)(F)F AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6939 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccnc2OCC2CCCCC2)cc(Cl)c1O)S(C)(=O)=O AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6940 CC1CCC(O)CCC(CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)N2CCC(N3CCCCC3)CC2)NC1=O AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6941 CC(C(=O)NC1CCN(C)CC1)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6942 CC(C(=O)NC1CCN(C)CC1)c1ccc(NC(=O)Nc2cc(Oc3ccc(F)cc3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6943 CC(C)CN(C)C(=O)c1ccc(C(C)Nc2nc3cc(C(C)(C)C)ccc3c(=O)[nH]2)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6944 CC(C(=O)NC1CCCN(C)CC1)c1ccc(-c2ccc3c(N)nc(NCC4CC4)nc3c2)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6945 CC(C(=O)NC1CCN(C)CC1)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4WN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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