DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6961 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NCc1ccc(-c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6962 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NC1CCc2ccccc21 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6963 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NCc1cccc(CCC2CCCCCC2)c1 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6964 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NCc1cccc(-c2cccc(Cl)c2)c1 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6965 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6966 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NCc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6967 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NCc1cccc(S(=O)(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6968 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6969 CC(C)(C)C(NC(=O)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc2c(c1)OCCO2 AlphaDrug 6MLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6970 NC(=O)c1cc(C#CCCCOC(=O)c2ccccc2)ccc1Nc1nc(C(=O)O)nc2ncccc12 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6971 NC(=O)c1cc(-c2cnc(-c3ccccc3)nc2N)ccc1NCc1ccccc1 AlphaDrug 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6972 NC(=O)c1cc(-c2cc3ccccc3n2CCCCO)ccc1NC1CCCCCC1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6973 NC(=O)c1cc(-c2noc(-c3c(Cl)ccc(Cl)c3Cl)n2)ccc1NC1CCCCC1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6974 NC(=O)c1cc(-c2nc3ccc(Cl)cc3n2CCCCC(=O)O)cs1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6975 Cc1c(-c2ccc(NC3CCCCC3)c(C(N)=O)c2)nnn1CCCOc1ccccc1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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