Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6991	O=C(c1ccc(F)cc1F)c1cccc2[nH]c(N3CCCC(c4ccc(Cl)c(Cl)c4)C3)nc12	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6992	COC(=O)c1ccc(C2(NC(=O)C3CCCCC3)CCN(CCCO)C2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6993	COC(=O)c1ccc(C2(NC(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)CCN(CCC3CCCCC3)C2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6994	COC(=O)c1ccc(C2(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)c(Cl)c3)CCN(CCC3CCCCC3)C2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6995	COC(=O)c1ccc(C2(OCc3ccc(C(=O)NCCC(=O)O)cc3)CCN(CCC3CCCC3)C2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6996	COC(=O)c1ccc(C2(NC(=O)c3ccc(C4CC4)cc3)CCN(CCC3CCCCC3)C2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6997	COC(=O)c1ccc(C2(NC(=O)c3ccc4c(C)cc(OC(F)F)cc4c3)CCN(CCC3CCCCC3)C2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6998	COC(=O)c1ccc(C2CCC(NC(=O)/N=C/CCC(=O)N3CCC(NC(=O)NC4CCCCC4)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6999	COC(=O)c1ccc(OCC2CCC(NC(=O)COc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4UFK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7000	CC(O)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(CCNC(=O)c3ccc(Cl)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4UA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7001	CC(C)CCNC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(CC(=O)NCCCCCCCCCCCCCNCCN3CCNCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4UA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7002	CC(C)CNC(=O)Nc1cc(-c2ccc(Cl)c(CN3CCCCC3)c2)ccc1C(=O)O	AlphaDrug	4UA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7003	Cc1c(O)ccc(C(=O)/N=C(/N)C(C)C)c1C	AlphaDrug	4UA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7004	CC(C)CNC(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(Cl)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	4UA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7005	CCc1cc(OCC(C)C)cc(NCC(O)CN2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)n1	AlphaDrug	4UA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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