DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6976 NC(=O)c1cc(-c2nnc(-c3ccccc3)cc2N)ccc1NC1CCCCC1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6977 NC(=O)c1cc(C(=O)NCCCC(=O)O)ccc1NC1Cc2ccccc2C1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6978 NC(=O)c1cc(C(=O)Nc2ccc3c(ccn3Cc3ccccc3)c2)ccc1NC1CCCCC1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6979 NC(=O)c1cc(C2CCCCC2)ccc1Nc1ncc(Cl)c(NS(=O)(=O)c2ccccc2)n1 AlphaDrug 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6980 COc1ccc(C(C)(C)C(=O)NCc2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1NC(=O)c1ccc2c(c1)OCO2 AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6981 COc1ccc(C(=O)NCc2ccccn2)cc1Nc1ncc(C(=O)NCc2cc(-c3ccc(F)cc3)ccc2C)s1 AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6982 CCCc1nc(C(=O)NCc2ccc(-c3ccc4c(c3)OC=CO4)cc2)c2ncnn2c1C AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6983 COc1ccc(C(=O)NCc2ccccc2)cc1NC(=O)c1cnc(N)c(-c2ccc(CN3CCN(C)CC3)cc2)n1 AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6984 COc1cc(CN2CCN(c3ncc(C(=O)Nc4ccc(Cc5ccccc5)cc4)cn3)C2)cc(OC)c1OC AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6985 COc1ccc(N2CCN(C)C2)cc1NC(=O)c1cnc(C)c(NC2CCCCC2)n1 AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6986 COc1cc(Nc2ncc(F)c(Nc3cccc(C(=O)NC(C)C)c3)n2)cc(C)c1C(=O)NCC(O)CN1CCN(C)CC1 AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6987 COc1cccc(Nc2nccc3cc(-c4ccc(CN5CCNCC5)cc4)nn23)c1 AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6988 COc1cc(-c2cc(C(=O)NC3CCCCC3)c(OCc3ccccc3)c3nccn23)ccn1 AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6989 COc1ccc(CNCCc2cc(-c3ccc(F)c(C(=O)Nc4cc(CN5CCN(C)CC5)c(OC)cn4)c3)ncn2)cc1C AlphaDrug 4R5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6990 CNC(=O)NC1(c2ccc(C(=O)OC)cc2)CCN(CCC2CCCCC2)C1 AlphaDrug 4UFK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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