DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6916 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)cnc2OCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6917 CC(C)Oc1cc(-c2cc(-c3cccc(OCC(=O)O)c3)cc(S(=O)(=O)CCCC(O)CC(=O)O)c2)cc(C(C)(O)C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6918 Cc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(O)c(-c4nc5c(-c6ccc(C(=O)O)cc6)cc(OC(C)C)cc5[nH]4)c3)c2)cn1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6919 CC(C)Oc1cc(-c2ccc(C(CCc3c[nH]c4ccccc34)N3CCC(C(=O)O)CC3)cc2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 5J6L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6920 Cc1cc(Nc2nc(C(N)=O)cnc2C(=O)N2CCN(c3ccccc3)CC2)ccc1N1CCNCC1 AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6921 Cc1cc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3F)ncc2C(=O)NC2CCCCC2N)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6922 Cc1cc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3)cnc2C(=O)N2CCNCC2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6923 Cc1cc(-c2ccncc2)nc(Nc2ccc(OCC(O)CN3CCOCC3)c(C)c2)n1 AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6924 Cc1cc(Nc2nc(C(=O)c3c(C)cccc3C)cnc2C(=O)N2CCN(c3ccccc3)CC2)ccc1OCCC(=O)O AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6925 Cc1cc(Nc2nc(C(F)(F)F)cnc2C(=O)N2CCN(c3ccc(F)cc3F)CC2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6926 Cc1cc(Nc2nc(C(=O)c3ccccc3C)cnc2C(=O)N2CCN(c3ccccc3)CC2)ccc1N AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6927 COc1cccc(-c2cnc(C(=O)N3CCN(c4ccccc4)CC3)c(Nc3ccc(C(F)(F)F)c(C)c3)n2)c1 AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6928 Cc1cc(Nc2nc([N+](=O)[O-])cnc2C(=O)N2CCN(c3cccnc3Cl)CC2)ccc1N1CCC(N(C)C)CC1 AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6929 Cc1cc(Nc2nc(Nc3ccccc3)ncc2C(=O)NC2CCC(O)CC2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6930 COc1cc(-c2ccc(C(=O)OC(C)(C)C(C)(C)C(=O)OC(=O)CC(C)(C)C)cc2)ccc1NCc1ccccc1 AlphaDrug 5NXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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