DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7396 CC(C)c1ccc(C(CCCO)NC(=O)c2cc(C(F)(F)F)nc(SC3CCCCCC3)c2O)cc1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7397 CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7398 CC(C)S(=O)(=O)n1c(-c2cccc(OC3CC3)c2)nc2ccccc21 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7399 CC(C)c1ccc(N2C(=O)OC(c3ccc(Cl)cc3Cl)C2=O)cc1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7400 CC(C)c1ccc(C(CCc2cnn[nH]2)C(=O)NC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7401 Cn1nncc1C(=O)NC1(COC(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CCCCC1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7402 CC(C)c1ccc(C(CCc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2cccc(C(=N)N)c2)cc1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7403 Cc1ccc(-c2cccc(O)c2)cc1C(=O)NC(CCCO)c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7404 CC(C)c1ccc(C(CCc2cccc(C(=O)O)c2)NC(=O)OCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7405 CC(C)c1ccc(C(CCc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2ccnc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 5NY3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7406 COc1ccc(-c2cc3ncc(O)c(O)c3c(O)c2C(C)C)cc1 AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7407 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCCC3(O)CCCCC3)c(Cl)cc2C(=O)NC2CCCCC2O)nc1 AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7408 COc1ccc(-c2cc3nc(C(=O)O)[nH]c3cc2OCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7409 Cc1ccc2c(Nc3ccc(N(CC(=O)O)C(=O)O)cc3)cccc2c1C AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7410 COc1ccc2cc(-c3cc(C)c(C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O)c(C)c3)ccc2c1 AlphaDrug 6MLA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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