Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
7441	Cn1c(C2CCCCC2)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5ncccn5)c(F)c4)sc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7442	Cn1c(-c2cc(F)ccc2O)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5nnn[nH]5)cc4)ccc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7443	Cn1c(-c2ccccc2)nc2ccc(-c3nc(NC(=O)C4CCCCC4)ccc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7444	Cn1c(-c2ccccc2)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5ccccc5)cc4)ncc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7445	Cn1c(C(F)(F)F)nc2ccc(-c3nc(NCc4ccc(-c5ncccn5)cc4)sc3F)cc21	AlphaDrug	5KA7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7446	CC(c1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1O)N1CCC(NS(C)(=O)=O)C1	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7447	CN1CCN(c2ccc(-c3ccc4c(-c5ccc6ccccc6c5)cccc4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7448	Cc1cccc2cc(-c3cccc4cc(-c5ccc(N6CCN(C)CC6)cc5)ccc34)ccc12	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7449	CN1CC(O)C(NC(=O)c2cc(-c3cc(Cl)cc(C(F)(F)F)c3Cl)ccc2O)c2ccccc21	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7450	CN1CCN(c2ccc(N3CCN(c4ccc5c(-c6ccc7ccccc7c6)cccc5n4)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7451	CN1CCN(C(C)(C)C)C(c2ccc(-c3ccc(-c4ccc5ccccc5n4)cc3)o2)C1	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7452	CN1CCN(c2ccc(-c3ccc4c(-c5cccc(O)c5)cccc4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7453	CN1CCN(c2ccc(-c3cc(Cl)cc4c(-c5cccc6ccccc56)cnn34)cc2)CC1	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7454	Cc1ccnc2c(-c3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)cc(Cl)cc12	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
7455	COc1ccc(-c2cc(Cl)cc(C(F)(F)F)c2)cc1C(=O)NCC1CCN(C)C1	AlphaDrug	6I8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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