DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
7366 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(N5CCN(C(=O)NC6CC6)CC5)cc4)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5N31 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7367 Cc1cc(O)cc(Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1C(=O)OCC(C)C AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7368 CC(C)COC(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7369 CC(C)COC(=O)c1cccc(NC2(c3cccc(C(F)(F)F)c3)CCCCC2)n1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7370 CC(C)COC(=O)c1cc(N)c(O)cc1OCc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7371 CC(C)COC(=O)c1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7372 CC(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)c1cc(O)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7373 CC(NC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7374 Cc1cc(NC(=O)OCC(C)C)nc(OCC2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7375 CC(C)COC(=O)/N=C/Cc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7376 CC(C)COC(=O)Nc1cccc(-c2cccc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4MGD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7377 Cc1cc(F)ccc1N1CCN(C2CCC(C)N(C(=O)c3ccc(F)c(NC(=O)c4cccc(N)n4)c3)C2)CC1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7378 CC1CCC(N2CCN(S(C)(=O)=O)CC2)CN1C(=O)c1ccc(F)c(NC(=O)c2cccc3ccccc23)c1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7379 Cc1cc(Cl)ccc1N1CCN(C2CCC(C)N(C(=O)c3ccc(Cl)cc3)C2)CC1 AlphaDrug 6GNW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
7380 C=C(N)C(=O)NC(=O)C1CCCN1C1CCC(C)N(C(=O)c2ccc(F)c(F)c2)C1 AlphaDrug 6GNW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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